Un futur sombre s'annonce pour la célèbre académie nippone. Alors que les élèves, élites de la société, possédant des "Alices", c'est à dire des dons surnaturels leur donnant diverses capacités, et les plaçant au dessus de la population normale, vivent leur vie d'étudiant tranquillement au sein de l'établissement, il semblerait que des plans bien sournois s'organisent dans les bureaux de l'administration. Quelques mois juste après la nomination de Tobita Yuu en tant que directeur - et par ailleurs, Natsume en tant que professeur alors que Mikan est "dame cantine", celui-ci s'enferme dans ses bureaux, et pendant plus d'un mois, plus aucune nouvelles. A présent, des rumeurs circulent sur son sort, on dit que cela ferait déjà longtemps qu'il l'aurait quitté ; pire encore : on dit qu'il communique avec des organisations extérieures, alors que l'académie est réputée pour ne laisser aucun de ses élèves sortir au cours de la scolarité. Dans le même temps, un nouveau professeur arrive..
Prémices d'une ère plus sombre que jamais.